Hugo Lloris est issu d'un milieu plutôt aisé, son père, d'origine catalane (Espagne), est banquier à Monte-Carlo et sa mère, décédée en 201063, était avocate64,65. Avant de choisir de se focaliser exclusivement sur le football à l'âge de 13 ans, Hugo Lloris excelle dans le tennis au point d'être classé parmi les meilleurs nationaux de son âge66. Il opte pour des études scientifiques qu'il suit au lycée public Thierry-Maulnier à Nice, avec l'accord de son club d'alors, l'OGC Nice64,65 et obtient son baccalauréat S63 en pleine préparation de l’Euro 2005 avec l'équipe de France des moins de 19 ans.
En septembre 2010, sa compagne Marine, qu'il a rencontrée sur les bancs du lycée, donne naissance à une fille nommée Anna-Rose67. Le couple se marie le 6 juillet 2012 à l'église Saint-François-de-Paule, dans le Vieux-Nice68,67. Ils sont à nouveau parents d'une petite Giuliana née en février 201467.
Son jeune frère Gautier (en), né en 1995, évolue au poste de défenseur au Gazélec Ajaccio, prêté par l'OGC Nice69.
Hugo Lloris apparaît sur la jaquette française du jeu vidéo FIFA 11 aux côtés de Karim Benzema et de Wayne Rooney71.
À l'occasion de la Coupe du monde 2010, Les Guignols de l'info créent une marionnette à son effigie7